• Titre: EPURE (Enhancing Plant nutRition and Health)

• Type de financement: RIN Recherche

• Résumé succinct du projet:

L'environnement racinaire (rhizosphère), lieu des processus de transformation des éléments mais aussi des interactions plantes/microorganismes (bénéfiques ou pathogènes) constitue un écosystème capital dans la compréhension de la santé des plantes, incluant la nutrition. Les travaux de ce projet doivent contribuer à une meilleure connaissance (1) des mécanismes directs et indirects impliqués dans la nutrition (C, N, P, S) des plantes (2) des mécanismes impliqués dans la défense racinaire et (3) le rôle central des microorganismes pour la nutrition et la santé des plantes. Ces mécanismes sont conditionnés au niveau de la rhizosphère pa la composition des exsudats racinaires et les communautés microbiennes présentes.

• Chef de file (noms des personnes en charge du projet):

AGHYLE, UNILASALLE (Isabelle GATTIN)

• Partenaires associés au projet (noms des personnes en charge):

LMSM 4312, Université de Rouen Normandie (Annabelle MERIEAU)

UMR INRA-Unicaen 950 EVA, Université de Caen Normandie (Jean-Christophe AVICE)

GLYCOMEV, Université de Rouen Normandie (Isabelle BOULOGNE, Marie-Laure FOLLET-GUEYE, Maïté VICRE)

• Durée du projet (dates de début et de fin du projet): 01/09/2017 au 31/08/2019

• Montant du financement: 750 000 €

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• Titre: Protection racinaire de plantes d’intérêt régional en Normandie : caractérisation génomique de l’ADN extracellulaire du « Root Extracellular Trap » et analyse transcriptomique des cellules frontières.

• Type de financement: RIN Doctorant 100%

• Résumé succinct du projet:

Afin de diminuer l’utilisation des produits phytosanitaires, des méthodes de biocontrôle sont actuellement développées. Celles-ci consistent en l’utilisation de molécules naturelles ou d’organismes bénéfiques afin d’accroître les défenses des plantes et de les protéger plus efficacement. Le développement de ces méthodes nécessite donc de connaître au mieux les différents mécanismes liés à la défense des plantes. Cependant, si les mécanismes de défense des plantes au niveau aérien sont largement étudiés (Jones and Dangl, 2006), les mécanismes de défense au niveau racinaire le sont beaucoup moins (Driouich et al., 2013). Ces travaux de thèse s’inscrivent donc dans une démarche de caractérisation de la défense des plantes au niveau racinaire, et notamment au niveau de l’apex racinaire dont la défense est assurée par le RET (Root Extracellular Trap ou piège extracellulaire de racine), un réseau complexe composé de cellules frontières, de type cellules bordantes ou apparentées (Border cells, BC ou Border-like cells, BLC), de glycomolécules et d’ADN extracellulaire (ADNex). Malgré leur rôle central dans le fonctionnement du RET, actuellement, aucune étude transcriptomique à haut débit n’a été publiée sur les cellules frontières. Il a donc été décidé de réaliser cette étude sur une plante modèle (Arabidopsis thaliana) et sur deux plantes de grande culture (Linum usitatissimum et Glycine max) en conditions de stimulation immunitaire afin de mieux comprendre le rôle des cellules frontières dans la défense des plantes. Un autre acteur du RET récemment mis en évidence est l’ADNex (Wen et al., 2009). Les travaux réalisés semblent indiquer qu'il aurait un rôle de piège mécanique au sein du RET. Cependant, par analogie avec l’ADNex retrouvé dans le Neutrophil Extracellular Trap (NET) des mammifères (Brinkmann and Zychlinsky, 2012), une hypothèse est que cet ADN pourrait avoir un rôle plus direct dans la défense de la racine (Hawes et al., 2011; Driouich et al., 2013). Une meilleure connaissance de l’ADNex semble donc nécessaire à la caractérisation du fonctionnement du RET. Pour cela, l’origine, la qualité et la quantité de cet ADNex seront étudiés par des approches d'extractions d'ADN circulant, de bioanalyse, de séquençage et d'analyses bioinformatiques.

• Chef de file (noms des personnes en charge du projet):

GLYCOMEV, Université de Rouen Normandie (Isabelle BOULOGNE, Marie-Laure FOLLET-GUEYE)

• Durée du projet (dates de début et de fin du projet): 01/09/2017 au 31/08/2020

• Montant du financement: 36 mois de financement de thèse (Marie CHAMBARD)

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• Titre: Projet de collaboration franco-québécoise entre le laboratoire GlycoMEV (Université de Rouen) et les laboratoires Beauregard et Beaulieu (Université de Sherbrooke).

• Type de financement: Programme Samuel-De-Champlain

• Résumé succinct du projet:

De très nombreuses bactéries vivent autour des racines de plantes et interagissent avec elles. Certaines de ces bactéries peuvent influencer positivement les plantes en favorisant leur croissance et en les protégeant contre les phytopathogènes, alors que d’autres vont plutôt causer des infections et seront responsables de pertes importantes en agriculture. Notre équipe s’intéresse aux détails des interactions entre les racines de plantes et deux types de bactéries, une bactérie bénéfique aux plantes et un phytopathogène. À l’interface de l’interaction entre ces bactéries et les racines de plantes, au niveau de la paroi des cellules de plantes, se trouvent plusieurs types de molécules. Ces molécules, notamment des glycomolécules complexes, peuvent être dégradés et même assimilés par les bactéries. Dans le cadre de ce projet, nous voulons évaluer si et comment certains fragments de ces polymères peuvent influencer le comportement d’une bactérie bénéfique et d’un phytopathogène. Pour ce faire, nous voulons développer une collaboration qui permettra à nos équipes de mettre en commun leurs connaissances, ressources et équipements pour mieux comprendre comment la dégradation et les fragments de biopolymères pariétaux influencent la colonisation des racines par des bactéries bénéfiques ou pathogènes. À moyen terme, ce projet aura des retombées importantes pour le développement de biofertilisants et de biopesticides à base de bactéries, qui seront respectueux de l’environnement et favoriseront une agriculture durable. Par ailleurs, la formation d’étudiants gradués sera au coeur du partenariat, qui permettra à ceux-ci d’effectuer des stages de recherche et formation dans les laboratoires partenaires, leur offrant ainsi une expérience scientifique et personnelle inestimable. Finalement,  la collaboration créée dans le cadre de ce projet aura un effet structurant important, car elle permettra de créer des ponts entre des chercheures membres du centre québécois SÈVE (recherche sur le végétal) et des chercheurs de la structure fédérative de recherche Normandie Végétal, favorisant ainsi un rapprochement de ces deux groupes de chercheurs importants aux intérêts similaires.

• Chef de file (noms des personnes en charge du projet):

GLYCOMEV, Université de Rouen Normandie (Isabelle BOULOGNE, Azeddine DRIOUICH)

• Partenaires associés au projet (noms des personnes en charge):

Université de Sherbrooke (Pascale BEAUREGARD, Carole BEAULIEU)

• Durée du projet (dates de début et de fin du projet): 01/09/2018 au 31/08/2020

• Montant du financement: 15 000 €

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• Titre: Normandy Plant Tech (NORMANDY PLANT TECHNOLOGIES)

• Type de financement: RIN Recherche

• Résumé succinct du projet:

L’amélioration de la production végétale en termes de rendement et de qualité implique une sélection des variétés les plus performantes associée à une optimisation des systèmes de culture et des pratiques culturales. Ces choix nécessitent de prendre en compte le bilan économique et agro-environnemental (maintien de la fertilité des sols, limitation des intrants) dans un contexte de dérèglement climatique. Le bon fonctionnement des plantes, l’état sanitaire des cultures, l’efficience d’utilisation de l’eau et des minéraux et in fine le rendement et la qualité des récoltes, sont également dépendants des interactions plante/microorganismes. L’étude des relations sol/plante/microorganismes constitue un enjeu majeur pour le développement de l’agroécologie et la protection des plantes. Cependant, pour évaluer l’impact des interactions plantes/microorganismes sur les performances agronomiques d’une culture en réponse à des contraintes nutritionnelles, abiotiques ou biotiques il est nécessaire de disposer (1) d’infrastructures permettant de contrôler les conditions de culture et (2) d’outils de phénotypage, d’imagerie et de biochimie permettant un diagnostic rapide des capacités de croissance, du statut nutritionnel, des modifications métaboliques et de l’état de santé des plantes.Pour répondre à ces enjeux, 4 unités de recherche ont construit le projet NORMANDY PLANT TECHNOLOGIES avec l’ambition d’acquérir à l’horizon 2021 des équipements de pointe et de développer des méthodes innovantes en phénotypage (Axe 1), imagerie (microscopies correlative et électronique couplée aux cryotechnologies cryoMEB-EDS) (Axe 2) et biochimie (click chemistry) (Axe 3) permettant l’étude à différentes échelles (de la plante entière à la cellule) des effets de stress biotiques et abiotiques variés sur la croissance végétale en interactions avec les microorganismes.

• Chef de file (noms des personnes en charge du projet):

UMR INRA-Unicaen 950 EVA, Université de Caen Normandie (Jean-Christophe AVICE)

• Partenaires associés au projet (noms des personnes en charge):

GLYCOMEV, Université de Rouen Normandie (Jean-Claude MOLLET, Isabelle BOULOGNE)

LMSM 4312, Université de Rouen Normandie (Xavier LATOUR)

AGHYLE, UNILASALLE (Isabelle GATTIN, Adrien BLUM)

• Durée du projet (dates de début et de fin du projet): 01/11/2018 au 31/10/2021

• Montant du financement: 899 357 €

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• Titre: DRAgoNE (Defense RAcinaire intéGrée contre les biOagresseurs en NormandiE)

• Type de financement: Projet soutien collaboratif d’innovation

• Résumé succinct du projet:

L’objectif du projet DRAgoNE est de développer des outils permettant de visualiser le comportement du piège extracellulaire de racine ou Root Extracellular Trap (RET) au cours du processus d’infection d’une racine par des organismes phytopathogènes. Cet outil permettra d’évaluer de nouvelles solutions de protection de racines de plantes contre plusieurs de leurs bio-agresseurs. Les résultats escomptés sont :

− La caractérisation structurale et fonctionnelle du RET.

− Les modifications du RET suite au développement de l’infection d’une racine de plante par un de ses bio-agresseurs.

− Les modifications du RET suite à l’application d’un ou plusieurs produits de biocontrôle, et l’effet de cette application sur le développement de la maladie.

• Chef de file (noms des personnes en charge du projet):

GLYCOMEV, Université de Rouen Normandie (Isabelle BOULOGNE)

• Partenaires associés au projet (noms des personnes en charge):

CENTRE MONDIAL DE L’INNOVATION, Groupe Roullier (Eric NGUEMA-ONA)

• Durée du projet (dates de début et de fin du projet): 01/11/2018 au 31/10/2021

• Montant du financement: 287 500 €

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